Il Malpensa Express, attivato nel 1999 con l'apertura dell'hub intercontinentale di Malpensa 2000, è l'unico collegamento ferroviario tra la città e l'aeroporto.
Ogni giorno collega il centro di Milano (stazione Cadorna) con l’aeroporto intercontinentale di Malpensa (Terminal 1, piano sotterraneo), con treni in partenza ogni trenta minuti per ciascuna direzione.
Da gennaio 2010, sono disponibili 18 corse point-to-point - senza fermate intermedie - con percorrenza di soli 29 minuti, 58 corse con tempi di percorrenza di 36 minuti che effettuano fermate (con possibilità di interscambio) nelle stazioni di Milano Bovisa Politecnico, Saronno e Busto Arsizio. Da Milano (via Paleocapa) l'ultima corsa (23.27) viene effettuata con servizio bus senza fermate intermedie, così come le ultime due da Malpensa (0.23 e 1.30).
Il servizio Malpensa Express viene svolto esclusivamente con treni di tipo TAF (Treni ad Alta Frequentazione) di sola prima classe, costruiti tra il 1998 e il 2000. L’allestimento per questo specifico servizio, oltre alle normali dotazioni del modello TAF, prevede un’apposita livrea, la presenza di bagagliaio negli spazi tra gli scompartimenti e annunci interni in lingua inglese oltre che italiana.
